Dal 1993 esiste una collaborazione con L’Universidade do Amazonas, nei campi di medicina e sociologia. L’universita’ ha anche svolto ricerche sulle risorse ittiche e la possibilita’ di installare allevamenti di pesci.
Nel 1994 si e’ svolto il primo studio del comportamento ed ecologia delle lontre giganti nel loro ambiente naturale. Questo progetto e’ durato 18 mesi ed e’ stato gestito dal Laboratorio di Mammiferi Aquatici dell’Istituto Nazionale di Ricerca sull’Amazzonia (INPA).
Una ricerca sulle piante medicinali, e’ stata svolta dall’Embrapa di Roraima, insieme all’Universita’ di Salerno e l’IILA di Roma.
Una ricerca antropologica sulla popolazione Caboclo e’ stata svolta dall’Universita’ La Sapienza di Roma.
Altri progetti sono stati realizzati, dal The Quality of Life Research Institute di Copenhagen ed una ricercatrice dell’Universita’ di Roma, sta attualmente studiando le lontre giganti insieme all’INPA di Manaus, e nello stesso tempo insegna le tecniche di ricerca ad uno studente locale.
Quest’anno, e’ iniziato un censimento di tutte le specie di mammiferi della riserva, attraverso la collaborazione del Giardino Zoologico di Copenhagen.. Una parte integrante del progetto, e’ la formazione, in tecniche scientifiche, degli abitanti della riserva, che stanno frequentando corsi forniti dai biologici che svolgono le ricerche.

Un progetto di monitoraggio della biodiversita’, attraverso immagini satellitari e l’uso di conoscenze delle popolazioni locale, e’ stato presentato alla European Space Agency Symposium 2000.
Questo stesso progetto, e’ stato accettato da DIVERSITAS, come progetto ufficiale del IBOY (Anno Internazionale dell’Osservazione della Biodiversita’) 2001-2002.

Durante gli ultimi nove anni, la Riserva di Xixuaù-Xiparinà, è stata oggetto di numerosi progetti di ricerca scientifica, da parte di istituzioni come: National Amazon Research Institute (INPA), University of Amazonas and the FNS of Brazil, IBAMA (Istituto Brasiliano di Amministrazione Ambientale) e la CNPT (Centro Nazionale dei Popoli Tradizionali), Università la Sapienza di Roma, Institute for the Quality of Life (Danimarca), Colorado Springs Hight School (USA), University of Birmingham (UK), Università di Siena.
Sono inoltre stati prodotti diversi documentari nella riserva, da televisioni quali: BBC, RAI, PBS, Danish state TV, Survival Anglia.